代用エンドポイントとは，患者にとって重要である真のエンドポイントに関連するアウトカムのことをいいます．代用エンドポイントは，真のエンドポイントより臨床において測定しやすいこと，介入によって変化しやすいことなどから注目されることが多いです．しかし，代用エンドポイントがいくら改善または向上しても，真のエンドポイントが改善しなかったり，悪化したりすることもあります．
たとえば，転倒予防を目的としてバランストレーニングを行った結果，代用エンドポイントであるバランス能力は向上したが， 真のエンドポイントである転倒発生率には有意な減少が認められなかったなどがあげられます．