分散分析において，検定した要因で有意に差が認められるときは，主効果（または単純主効果）ありと呼ぶことがあります．分散分析では，主効果，交互作用が判断の基準になります．
　いま，健常者10名を対象として，階段を昇る時の膝伸展筋活動を記録したとします．階段の高さは①10cm，②15cm，③20cmに設定します．また，階段を昇るときの速さを①速い，②普通，③遅いの3段階にしたとします．このとき，階段の高さの要因，階段を上る速さの要因で差があるかどうかを知るために，2要因の分散分析（2元配置分散分析）を行うことになります．
　もし，高さの要因で有意な差が認められた場合は「階段の高さには主効果が認められた」といいます．また，速さの要因で有意な差が認められなかった場合は，「速さの要因では主効果は認められなかった」といいます．さらに階段の高さと速さの交互作用に有意差が認められたときは「階段の高さと速さの要因間で交互作用を認めた」といいます．