1元配置分散分析は，1つの要因に対して差があるかどうかを検定しますが，2元配置分散分析は，2つの要因に関する平均の差を検定する手法です．たとえば，12人の対象者の握力を測るとして，「性別」の要因｛男，女｝の2群に差があるか，また「年代」の要因｛60歳代，70歳代，80歳代｝の3群に差があるかを知りたい場合，2つの要因が存在します．これらの各要因の群間で差があるかを検定する手法です．なお，各要因とも2群以上に分かれていれば，2元配置分散分析の適用となります．



  　2元配置分散分析では，主効果と交互作用が有意性の判断の基準になります．もし，性別の要因で有意な差が認められた場合は，「性別の要因には有意な主効果が認められた」といいます．また，年代の要因で有意な差が認められなかった場合は，「年代の要因では主効果は認められなかった」といいます．さらに性別と年代の交互作用に有意な差が認められた場合は，「性別と年代の要因間で有意な交互作用を認めた」などといいます．